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Le nouveau panel 6K améliore la précision du génotypage

Un récent article du Réseau laitier canadien démontre les gains de précision à l’utilisation du panel 6K par rapport au panel 3K. Le panel 6K est disponible depuis novembre dernier et a remplacé le panel 3K qui était utilisé depuis la mise en place du programme GenoTest en septembre 2010. Les panneaux 3K et 6K sont dits à faible densité, c'est-à-dire qu’ils analysent une fraction des marqueurs de l’ADN d’un animal par rapport au panel standard qui comporte 50 000 marqueurs (50K).

Des méthodes dites d’imputation ont été développées pour reproduire un panel 50K à partir des panels à faible densité. L’imputation consiste à ajouter les marqueurs manquants à un panel à faible densité pour reproduire un panel 50K. L’avantage des panels à faible densité est leur coût abordable, soit 47 $, qui rend l’utilisation de la génomique plus accessible à l’ensemble des producteurs laitiers.

Le tableau suivant présente les différents taux d’erreur moyen de l’imputation des panels 3K et 6K selon différents cas d’analyse génomique du père et de la mère. Il démontre une marge d’erreur plus faible avec le panel 6K selon toutes les situations possibles.

 

Génotype du père
 Génotype de la mère
 Taux d’erreur d’imputation moyen
Panel 3K Panel 6K
 50K  50K  0,9 % 0,4 %
 50K  3K  1,8 % 1,1 %
 50K  Non génotypée  2,9 % 1,1 %

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